慢性腸炎泛指腸道的慢性炎癥性疾病，其病因可為細菌、霉菌、病毒、原蟲等微生物感染，亦可為過敏、變態反應等原因所致。
慢性腸炎的臨床表現為長期慢性、或反復發作的腹痛、腹瀉及消化不良等癥，重者可有粘液便或水樣便。日常生活中，容易誘發慢性腸炎的病因主要有以下幾個方面。
遺傳
本病的血緣家庭發病率較高，據歐美文獻統計，潰瘍性結慢性腸炎病人的直系血緣親屬中，約15-30%的人發病。
神經精神因素
患者多有某些性格特征，對于生活中重大事件的心理承受能力和適應性差，屬心身疾病一類，心身疾病強調心理因素在疾病 的發生或病程中起重要作用。
自身免疫
隨著社會發展，醫學的進步，免疫學的快速成長，有很多不明病因的疾病可以探明。目前，免疫疾病的發病率高，治療困難，已引起重視。
感染因素
感染，在結慢性腸炎病因中是主要病因之一。每當發病時，使用抗生素則有不同程度控病情和治療效果，這說明與感染有關。人類是雜食性的，當吃了不結或變質的食物，往往會發生腸道病變，是占結慢性腸炎病因多數。