不同類型息肉病因不同，炎性息肉是腸粘膜受長期炎癥刺激增生的結果，錯構瘤型息肉具有家族遺傳傾向。
1、長期腹瀉
很多病人腸道黏膜容易過敏，例如飲酒、吃辣椒或油膩食物或海鮮后出現腹瀉，有些病人會無原因的出現 腹瀉，這樣，腸道黏膜會出現慢性炎癥，易導致腸道息肉生長。
2、長期便秘
便秘的病人經常是幾天排便一次，糞便長期在腸道內儲存會產生各種毒素，導致腸黏膜出現慢性炎癥，易 生長息肉。
3、飲食性因素
長期進食高脂肪、高蛋白、低纖維性飲食者結直腸息肉的發生率明顯增高，多進食新鮮水果蔬菜以及維生素C者息肉的發生率減少。
4、膽汁代謝紊亂
胃十二指腸潰瘍行胃空腸吻合以及膽囊切除術后患者，膽汁的流向和排出時間發生改變，大腸內膽汁酸的含量增加。實驗顯示膽汁酸以及膽汁酸的代謝產物脫氧膽酸和石膽酸均有誘發結直腸黏膜產生腺瘤性息肉或癌變的作用。
5、遺傳
例如家族性息肉病就是一種遺傳疾病。
6、腸道炎性疾病
結腸黏膜的慢性炎癥病變是導致炎癥性息肉發生的主要原因，最多見于慢性潰瘍性結腸炎、克羅恩病以及阿米巴痢疾、腸道血吸蟲和腸結核等，也見于結腸手術后吻合口部位。