對于垂體功能低下的預防，主要體現在如何在治療后防止出現垂體功能低下的情況，很多治療方式都會對垂體功能進行破壞，因此做好垂體功能低下癥的預防是十分有必要的。
由于垂體功能低下癥的預防非常重要，因此垂體瘤患者在治療當中要極為注意：
首先，立體定向放射外科技術尤其是伽瑪刀能有效地破壞病灶，尤其對顱內多發的生殖細胞瘤，以分次治療及劑量分割代替單次大劑量照射即可使病灶內的放射劑量分布更加均勻，又保護了病灶周邊正常顱內重要結構，提高患者中樞神經系統輻射耐受性，從技術手段上來講減少了單次大劑量照射帶來的副反應。
其次，從照射劑量及照射范圍選擇來講，目前(2010年)發現對于惡性程度相對較低的生殖細胞瘤，腫瘤部位與腦脊髓軸分別應用較小劑量的照射也能取得滿意療效，發生原位復發及種植播散的可能性都較小。而全脊髓照射的選擇也在多項研究中證實對于疾病的完全緩解并沒有增強作用，反而帶來一些副反應。
最后，放療聯合化療是有效避免放療后遺癥的重要方向。單獨應用化療治療顱內生殖細胞瘤的研究也有不少，但復發率高且有一定副反應。2種方法的聯合應用取長補短，在治療兒童腫瘤患者，減少中樞神經系統損傷中可加以選擇。