病原學診斷是病毒性肝炎診斷的重要內容，在臨床醫師提供患者的臨床診斷信息和適當的臨床標本，并盡可能獲得流行病學資料的情況下，進行微生物檢驗和藥敏試驗，及時、全面地分析檢驗結果，可為臨床提供準確的病原學診斷，方便對患者作出恰當的處理。對于丙型肝炎來說，其病原學診斷主要包括。
1、流行病學資料
有輸血及血制品、靜脈吸毒、血液透析、多個性伴侶、母親為HCV感染等病史的肝炎患者應懷疑丙型肝炎。
2、臨床診斷
肝炎患者的臨床表現較為復雜，診斷時應認真分析。根據患者的不同表現特點可將其分為急性肝炎、慢性肝炎、重型肝炎、淤膽型肝炎、肝炎肝硬化等多種類型，診斷時應根據患者的病史、臨床表現等多方面內容綜合分析考慮。
3、病原學診斷
恰當的標本采集是感染性疾病診斷的最為重要的一個步驟，臨床醫師提供患者的臨床診斷信息和適當的臨床標本，盡可能獲得流行病學資料的情況下，進行微生物檢驗和藥敏試驗，及時、全面地分析檢驗結果，可為臨床提供準確的病原學診斷，對患者作出恰當的處理。對于懷疑為丙肝的患者來說，如患者抗HCV陽性或HCVRNA陽性，可診斷為丙型肝炎，無任何癥狀和體征，肝功能和肝組織學正常者為無癥狀HCV攜帶者。
丙型肝炎病毒抗體(抗HCV)陽性或丙肝病毒核糖核酸(HCVRNA)陽性，可診斷為丙型肝炎。無任何癥狀和體征，肝功能和肝組織學正常者為HCV攜帶者。其中，抗-HCV是HCV感染與既往感染的間接指標，HCV感染后到抗體轉陽般有一較長的窗口期，平均為70天;HCVRNA是HCV復制活躍的可靠指標，在感染HCV1～2周內，血清中即可檢測到HCVRNA。