腸結核常繼發于肺結核，故應對原發病診斷，積極治療，加強公共衛生宣傳，教育患者避免吞咽痰液及不隨地吐痰，提倡使用公筷，牛奶應充分消毒。
對肺結核患者進行早期發現及積極指導治療，可大大減少腸結核的發病率。
此外，加強衛生管理，禁止隨地吐痰，講究飲食衛生，提高全民抗癆意識對其預防有一定意義。
隨著抗結核藥物的普及和發展，在加強支持療法的基礎上，腸結核經充分治療一般可痊愈。
除了早期用藥外，合理選用抗結核藥物，保證劑量充足、規律、全程用藥，是決定預后的關鍵因素，加強支持治療，提供幽靜休息環境，清新，易消化吸收、營養豐富、維生素、微量元素，無污染的食物，對腸結核的康復是必不可少的。