腸結核多見于10～29歲的青少年(60%)，女性多于男性。患者常有體弱、消瘦、貧血、食欲下降、不規則發熱和盜汗等全身癥狀。但增殖型腸結核，全身癥狀較輕。
(一)潰瘍型
潰瘍型腸結核的臨床表現主要是腸炎癥狀。患者多有慢性右下腹痛及臍周痛，有時疼痛可波及全腹。
腹痛為隱痛或痙攣性疼痛，餐后加重，排便后減輕。除腹痛外，常有腹瀉和便秘交替出現。腹瀉多為水瀉或稀便。病變累及結腸時，可有粘液和膿血便及里急后重感。尚有低熱、盜汗、消瘦、食欲減退等全身癥狀。
體驗時右下腹有壓痛，腸鳴音活躍，伴有腸腔狹窄時可見腸型。急性穿孔時，可出現劇烈腹痛和彌漫性腹膜炎體征。
(二)增殖型
增殖型病變在臨床上主要表現為慢性不完全性低位腸梗阻癥狀。隨著腸腔的縮小，梗阻趨向完全。
此時有典型的腸梗阻癥狀
患者有腹脹、陣發性腹痛，停止排便排氣，時有嘔吐。體檢時可見腹部脹氣和腸型、腸鳴音亢進。有時也可捫及腹部腫塊，腫塊多位于右下腹、質地較硬，不易推動，較難與癌性腫塊相鑒別。