做好預防工作是防治結核病的根本辦法。
并著重對腸外結核的發現，特別是肺結核的早期診斷與積極的抗結核治療，盡快使痰菌轉陰，以免吞入含菌的痰而造成腸感染。
必須強調有關結核病的衛生宣傳教育。要教育患者不要吞咽痰液，應保持排便通暢。要加強衛生監督，提倡用公筷進餐，牛奶應經過滅菌消毒。
接種卡介苗可增強人體對結核菌的抵抗力，有利于預防結核病的發生。
在抗結核藥出現之前，腸結核預后差，死亡率高。抗結核藥在臨床廣泛應用以后，使腸結核的預后大為改觀，特別是對黏膜結核，包括腸結核在內的療效尤為顯著。
本病的預后取決于早期診斷及時治療，當病變尚在滲出階段，經治療后可完全痊愈，預后良好。合理選用抗結核藥物，保證充分劑量與足夠療程，是決定預后的關鍵。