對腸結核的預防，應著重在腸外結核的早期診斷與積極治療。廣泛進行有關結核病的衛生宣教，教育肺結核或喉結核患者不要吞咽唾液，并保持大便通暢。日常生活應注意飲食衛生，在公共場所進餐時提倡用一次性碗筷進餐，牛奶應經過滅菌消毒。
腸結核的治療目的是消除癥狀，改善全身情況，促使病灶愈合及防止腸梗阻、腸穿孔等并發癥。
(1)休息與營養
休息與營養可加強患者的抵抗力，是治療的基礎。活動性腸結核須臥床休息，積極改善營養，對消瘦、營養不良和因胃腸癥狀而妨礙進食者，宜予以靜脈內高營養治療。
(2)抗結核治療
應做到早期、聯合、適量、規律和全程用藥。為了使病人早日康復，防止耐藥性的產生，目前多采用短程療法，療程為6～9個月，一般用異煙肼與利福平聯合用藥;伴嚴重腸外結核者，宜加鏈霉素或吡嗪酰胺或乙胺丁醇，三聯用藥1～1.5年。
(3)對癥治療
腹痛可用顛茄、阿托品和其他抗膽堿能藥物。攝入不足或腹瀉嚴重者，應補充液體與鉀鹽，防止水、電解質與酸堿失衡。對不完全性腸梗阻的病人，不僅要按上述對癥治療外，還需配合胃腸減壓，以緩解梗阻近段腸曲的膨脹與潴留。
(4)手術治療
適用于完全性腸梗阻、急性或慢性腸穿孔引起的糞瘺以及腸道大出血等內科治療無效者。此外，對增生型結核也可考慮部分手術治療。
本病的預后取決于能否早期診斷治療。腸結核早期病變是可逆的，經適當治療可完全痊愈;如果病程已至后期，即使給予合理、足量的抗結核藥物治療，各種并發癥也難免發生。