做好預防工作是防治腸結核的根本辦法。并著重對腸外結核的發現，特別是肺結核的早期診斷與積極的腸結核治療，盡快使痰菌轉陰，以免吞入含菌的痰而造成腸感染。必須強調有關腸結核的衛生宣傳教育。
此外，加強衛生管理，禁止隨地吐痰，講究飲食衛生，提高全民預防腸結核意識對其預防有一定意義。
1) 休息與營養
休息與營養可加強患者的抵抗力，是治療的基礎。活動性腸結核須臥床休息，積極改善營養，對消瘦、營養不良和因胃腸癥狀而妨礙進食者，宜予以靜脈內高營養治療。
2) 腸結核治療
應做到早期、聯合、適量、規律和全程用藥。
3) 對癥治療
腹痛可用顛茄、阿托品和其他抗膽堿能yao物。攝入不足或腹瀉嚴重者，應補充液體與鉀鹽，防止水、電解質與酸堿失衡。
對不完全性腸梗阻的患者，不僅要按上述對癥治療外，還需配合胃腸減壓，以緩解梗阻近段腸區的膨脹與潴留。
4) 手術治療
適用于完全性腸梗阻、急性或慢性腸穿孔引起的糞瘺以及腸道大出血等內科治療無效者。此外，對增生型結核也可考慮部分手術治療。
本病的預后取決于能否早期診斷治療。腸結核早期病變是可逆的，經適當治療可完全痊愈。