黃體功能不全患者容易發生流產，導致流產的可能原因如下：
孕激素不足
孕激素的主要作用是利于胚胎著床，防止子宮收縮。如果懷孕初期孕激素偏低會干擾早期胚胎發育，是造成流產的主要原因。
雌二醇不足
在子宮內膜增生期，由于卵泡分泌雌二醇不足，致使子宮內膜發育遲緩。排卵后，由于卵泡發育而來的黃體分泌雌二醇的功能仍末得到改善，使孕激素不能充分作用于子宮內膜，更加重了子宮內膜發育不良，致使胚胎著床受到障礙而致流產。
激素受體不足
研究發現，反復性早期流產患者增生期子宮內膜的雌激素受體含量或分泌期子宮內膜的孕激素受體含量均明顯偏低。激素是通過受體發揮作用，激素和受體任何一方面減低或功能異常均會導致激素效應的減低，即子宮內膜發育異常。
卵泡刺激素不足
黃體功能不全患者的月經周期中常可發現卵泡刺激素水平偏低，導致卵泡成熟不充分，即使足量的黃體生成素也不能使黃體功能正常，造成黃體缺陷，因此卵泡刺激素偏低是黃體功能不全患者流產的重要原因。