肛瘺切開術手術原則是將瘺管全部切開，并將切口兩側邊緣的瘢痕組織充分切除，使引流通暢，切口逐漸愈合。本法僅適用于低位直型或彎型肛瘺。操作方法如下。
1、正確探查內口 尋找內口的操作與掛線療法相同，探得內口后，將探針拉出肛門外，如瘺管彎曲或有分支，探針不能探入內口，則由外口注入1%美藍色素溶液少許，以確定內口部位，再由外口以有槽探針探查，將管道逐步切開，探查，直至探到內口為止。如仔細探查仍不能找到內口，可將疑有病變的肛竇作為內口處理。
2、切開瘺管并充分切除邊緣組織 切開瘺管的全部表淺組織，由外口到內口及相應的肛管括約肌纖維。瘺管切開后應檢查有無支管，如發現也應切開。瘺管全部切開后即將腐爛肉芽組織搔刮干凈，一般不需要將整個瘺管切除，以免創面過大。最后修剪傷口邊緣，使傷口呈底小口大的“V”字形，便于傷口深部先行愈合。
3、肛管括約肌切斷 術中應仔細摸清探針位置與肛管直腸環的關系，如探針在肛管直腸環下方進入，雖全部切開瘺管及大部外括約肌及相應內括約肌，由于保存了恥骨直腸肌，不致引起肛門失禁，如探針在肛管直腸環上方進入直腸(如括約肌上肛瘺，括約肌外肛瘺)，則不可做瘺管切開術，應做掛線療法或掛線分期手術。第一期將環下方的瘺管切開或切除，環上方瘺管掛上粗絲淺，并扎緊。第二期手術俟大部分外部傷口愈合后，肛管直腸環已有粘連固定，再沿掛線處切開肛管直腸環。
瘺管切開后，其后壁肉芽組織可用刮匙刮去，一般不必切除，以減少出血和避免損傷后壁的括約肌。切除瘺管組織應送病理檢查。
4、傷口處理 術后傷口的處理往往關系到手術的成敗，關鍵在于保持傷口由基底部逐漸向表面愈合。每日更換敷料一次，最好在排便后進行，傷口內填充敷料逐漸減少，直到肛管內創口愈合為止。每隔數日做直腸指檢可以擴張肛管，更可防止橋形粘連，避免假愈合。