結核主要因吸入或吞入結核分枝桿菌或牛型結核菌而患病，之后會通過淋巴播散、血行播散和臨近組織器官直接播散而引起骨結核。單純骨結核和粟粒性結核的臨床表現不同。全身癥狀包括：發熱、寒戰、咳嗍，同時會伴有胸膜疼痛、體重減輕和乏力。病人可表現為急性癥狀或慢性癥狀。對于前面介紹的高危人群、5 歲以下的兒童以及老年人，出現上述癥狀應高度懷疑結核。
脊柱是骨結核最常見的發病部位，尤其是在老年人群;但是在發展中國家，兒童和青少年發病的也很常見。有些病人能發現肺或泌尿系有原發結核病灶，也有些病人找不到原發灶。淋巴和血行播散的結核一般發生在胸腰段，很少播散到頸椎和骶骨。
脊柱結核的活動性病變破壞特定的椎體節段
通常是相臨的兩個椎體和椎體之間的間盤。一些研究者推測，病變破壞的這種特點的原因是：該部位動靜脈血供豐富，而結核桿菌需要高的氧分壓。
約80%的病人為間盤周圍病變，侵及椎體前部，最后經韌帶下間隙(前縱韌帶)發展到相臨的椎體。少數病人病變發生在椎體中央，這種病變可類似腫瘤或者引起明顯的脊柱畸形，有時很難診斷。病人可能會有髓內肉芽腫、蛛網膜炎、椎體節段性塌陷形成的前方楔形變、駝背(Pott病)等。單純的脊柱后部結構結核很少見。有時會形成椎旁膿腫并形成皮膚竇道，侵及同一平面的腹腔臟器。椎旁膿腫最遠可到達腘窩。病人會有疼痛、無力，到晚期會出現截癱。
四肢關節結核主要累及下肢大的負重關節。病變侵犯關節軟骨，最后形成的肉芽腫組織會使軟骨剝脫。軟骨下骨的骨小梁受侵犯會影響關節的負重功能，進而明顯加快關節面的退變。病理檢查會發現病變中心區有壞死組織和多核巨細胞。
其他較少受累的關節包括
踝關節、足和上肢關節。病人可能有跛行，關節會出現皮溫增高、腫脹及活動范圍減小。關節結核會嚴重影響關節功能，即使經過積極正確的治療，病變也會在某一孤立的部位復發。周圍小關節的結核有時會與其他風濕性疾病相混淆(如痛風和類風濕關節炎)。