感染性腹瀉的原因有很多，也有感染性和非感染性的腹瀉，如果是感染性慢性感染，有細菌感染，有比較特殊的像結核桿菌的感染，也可能造成慢性腹瀉，當然其他的慢性感染也可以。
還有一些是非感染一類的，對于慢性腹瀉來講，跟急性腹瀉比較起來非感染的更多見，非感染一大類叫慢性炎癥性腸病，包括潰瘍性結腸炎和克羅恩病，另外還有經常服某種藥物引起的慢性腹瀉，另外還有老年人的缺血性腹瀉，一般是急性的，也有慢性缺血性質的，少見一些。
還有腫瘤，有些腫瘤也可以引起。再有一個是吸收不良，還有一類是腸易激綜合癥，有些達不到這個標準，但是也屬于功能性的。還有全身疾病也可以引起慢性腹瀉，尿毒癥等等，慢性腹瀉很復雜，病因很多，一旦有慢性腹瀉的癥狀最好不要掉以輕心，到醫院來看看，首先查明原因是什么。
感染性腹瀉不明原因只是暫時查不出原因，但是一定是有原因的，這需要通過系統的診斷。常規檢查查不出來的，有些特殊檢查能查出來。在診斷的時候，我們一步一步地從最常規的檢查查起，不會一下子全面地所有檢查一塊兒上，根據病人的臨床表現，他最可能的是什么，先做那個檢查，除外以后再考慮其他的。明確是什么原因引起的疾病，才能根據病因做針對性的治療。