肛瘺由單純性轉化為復雜性，由肛周膿腫長久不治轉化而來，可從四個不同階段的表現中看出：
第一階段：在初期的時候肛門局部處會受到細菌、病毒、糞便殘留物的感染，出現發炎的情況，長久不治療，炎癥會逐漸向肛門四周蔓延，如陰道部、腿部、臀部等等部位。
第二階段：肛門處炎癥的發生，會使得身體抵抗力逐漸下降，使得炎癥容易入侵身體各個器官中，得不到有效地控制，繼續無限制蔓延。
第三階段：炎癥導致的身體抵抗力的下降，容易出現多種疾病，細菌、病毒等有害物質繼續繁殖，致使肛門處血液流通不暢形成膿腫，膿腫無法消散，積聚向外擴散，使得疾病越加復雜。
第四階段：膿腫長久得不到有效地引流，會因為內部膿液的壓迫，而出現自動潰爛的性，流出厚厚的膿液，刺激肛管直腸與肛門外的皮膚組織，從而形成瘺道，膿液可以通過瘺管流出外口，導致肛瘺的產生。