腦發育不良的治療包括康復醫療、語言能力訓練、藥物治療、功能訓練等，其具體檢查方法如下所述。
1、綜合康復醫療：
運動療法，包括粗大運動、精細運動、平衡能力和協調能力訓練。爬行、有目的的指認訓練、抓物、持物、起坐、搖擺、扶行、原地運動、行、跑等均都有利于腦發育不全的治療。
2、語言能力訓練：
在孩子還不會說話時，就要對孩子說話和與孩子進行感情交流。讓孩子多聽音樂、對話、兒歌、故事等，增強孩子的語言感知與理解能力，并在娛樂中教會孩子發出單音，直到教會孩子簡單的字詞句子。語言能力的培養是一個有步驟、有順序的過程，不可操之過急。
3、藥物治療腦發育不全：
口服或注射有關苭物，能修復因外傷、出血、缺氧造成的腦細胞膜損害，保護神經細胞，加快神經興奮傳導，改善腦發育不全患者的學習與記憶功能;還可以選擇性的促進腦細胞DNA合成，促進腦細胞對氧的利用率，改善腦細胞能量代謝，增強腦功能，供給腦組織修復再生所需的各種氨基酸。對腦發育不全的治療很有輔助作用。
4、功能訓練：
其方法較多，但總的目標是促進正常反射通路和運動，抑制異常反射通路和運動，通過功能訓練，建立患兒新的條件反射。
5、醫療儀器的使用：
包括超聲掃描心腦血管治療儀、紫外線氧離子透入、神經肌肉治療儀、多功能導頻治療儀等促進神經肌肉功能恢復。