非淋菌性尿道炎是指由性接觸而傳染的尿道炎，非淋菌性尿道炎的主要病原體為沙眼衣原體，其次為支原體，其它病原體還包括陰道滴蟲、單純皰疹病毒、白色念珠菌、陰道嗜血桿菌及包皮桿菌等。
衣原體
呈球形，可用姬姆薩染色，不能用革蘭氏染色，在微生物中的性狀界于立克次體和病毒之間。感染人體后，衣原體在易感細胞內繁殖，抑制宿主細胞代謝，溶解破壞細胞，其代謝產物有內毒素作用和引起變態反應。
支原體
是最小最簡單的獨立生活的原核生物。感染人體后，通過粘附于宿主細胞的受體上，引起細胞膜損傷或由于代謝產物產生毒性作用。
本病主要通過性接觸傳染，間接傳染如接觸病人用過的浴盆、浴巾、馬桶、衣褲及床上用品等均可傳染該病。引起非淋菌性尿道炎的沙眼衣原體對女性的損害重于男性，是女性不育、宮外孕、盆腔炎的常見病因，它主要侵犯人體尿道、角膜、宮頸、子宮內膜及輸卵管的表層柱狀上皮細胞。
這種病發病比淋病輕且不如淋病急，癥狀拖延，時輕時重。約50%的病人有尿痛、尿道癢的癥狀。初診時很容易被漏診。女性患者尿道炎癥更輕，無尿痛或輕微尿痛，可出現少量分泌物。有時宮頸也有炎癥或糜爛。尿道分泌物少、稀薄、黏液性或黏液膿性。有時病人有癥狀無分泌物，也可無癥狀有分泌物。
本病處理不當或治療不及時可引起并發癥，如急性附睪炎、前列腺炎、結腸炎、咽炎。女性宮頸炎、宮頸糜爛、前庭大腺炎、陰道炎、輸卵管炎、盆腔炎、宮外孕、不育等。此外，沙眼衣原體還可經母親產道傳染，引起新生兒的眼結膜炎、肺炎、鼻炎、中耳炎及女嬰陰道炎。少數病人可伴發急性濾泡性眼結膜炎、關節炎、角膜炎及皮疹等。
在反復發作的病例中，每次發作時的病情都比上一次輕，但每次飲酒或發生性關系后病情就會復發，病人的心情一次比一次沉重，有的甚至坐臥不安，并懷疑自己得了不治之癥。另一些病人自以為治好了，尿道分泌物涂片仍可見到較多的膿細胞。因此，患者得病后，千萬不可亂投醫、亂治療或擅自使用藥物，一定要到國家衛生部門認可的性病防治機構診治，以免延誤診治而加重病情。