新生兒腹瀉的原因可分為腸道內感染、腸道外感染和非感染性腹瀉三大類。腸道內感染主要發生在人工喂養或混合喂養的新生兒，由于奶具不潔而導致病從口入。最嚴重的要算新生兒流行性腹瀉了，它常常發生在醫院里的新生兒室，病菌經過母親產道時傳給新生兒，然后由醫護人員的手將細菌擴散開去。此病潛伏期短，癥狀重，開始時厭食、吐奶、腹脹，繼之腹瀉呈黃綠色水樣大便，有擊拍聲，腥氣奇臭，一天大便次數可達10天左右，很快出現脫水癥狀。其他像鼠傷寒沙門氏菌、輪狀病毒、腺病毒等，都可引起新生兒腹瀉，嚴重者常常威脅生命。
腸道外感染主要是由于病原體毒素的影響或神經系統發育不健全，致使消化系統功能紊亂、腸蠕動增加而引起腹瀉。這種腹瀉一般無粘凍、膿血和奇臭，次數較少。在新生兒患肺炎和敗血癥時，細菌有時也可從腸道外或血液中透過腸壁，滲入到腸道內，引起腸炎。
非感染性腹瀉，多數因喂養不當引起的吸收不良，大便次數增加，有不消化奶塊或呈蛋花湯樣糞便。一般也無粘液或奇臭，這類腹瀉去除病因即可自愈。前二類腹瀉應去醫院治療。在未送醫院前，可先少量多次補充煮沸過的糖鹽水防止脫水。