無明顯不適，僅是查體時發現盆腔有可疑內異癥結節者可每3～6個月復查一次。接近絕經的患者可等待觀察，絕經后疼痛癥狀將消失，異位病灶也會逐步萎縮甚至消失。年輕、疼痛不重、有生育要求者建議盡早懷孕，妊娠及哺乳期閉經對內異癥具有抑制作用，可看作為異位癥的自然療法。
仍然是當今的主要治療方法。主要適合于病情較重如卵巢有較大的巧克力囊腫、盆腔粘連嚴重、合并有子宮疾病如子宮肌瘤及子宮腺肌癥者，或疼痛嚴重藥物治療無效者。手術方式有三種。
1. 保守性手術
只切除內膜異位病灶，保留卵巢和子宮，因而保留了生育功能。適用于年輕，想保存生育機能者。術后疼痛大多消失或明顯減輕，約50-60%能懷孕。但疼痛復發率較高，需再做手術的可能性為10%左右。
2. 半根治性手術
切除異位病灶的同時切除子宮，保留部分卵巢，可根治痛經，術后較少復發。很少需要再次手術。但切除子宮即不能生育，所以適用于已生育、年齡在35歲以上、疼痛頑固或同時伴有子宮病變者。
3. 根治性手術
即切除雙側卵巢，同時常切除子宮。可根治子宮內膜異位癥。適用于年齡較大而且不想再生孩子的婦女。
國內外研究表明，腹腔鏡手術是治療異位癥最好的方法。近年來，國內外廣泛開展腹腔鏡手術治療子宮內膜異位癥。開腹手術能做的腹腔鏡手術幾乎都能完成。巧克力囊腫雖常有一些粘連，很適合腹腔鏡手術剝離(見下方示意圖)和止血。因為巧克力囊腫粘連而害怕腹腔鏡手術，一般是手術醫生技術尚不夠熟練和經驗不足的表現，在這種情況下不要貿然去試著手術，因為容易出現手術并發癥比如出血、感染和損傷周圍臟器等。腹腔鏡手術具有創傷小、恢復快和術后盆腔粘連少等優點，術后疼痛緩解率及妊娠率可達到開腹手術的效果，深受患者好評。
當然，手術治療也有不足之處，比如手術有風險、有并發癥;手術切除的是明顯的看得見的異位病灶，微小的看不到的病灶自然切不掉;手術不能防止異位癥復發;手術還可能增加盆腔粘連(主要指開腹手術)，影響懷孕。