口咽內部容易受到細菌的侵襲而發炎，這些病菌可能隱藏于扁桃體隱窩內，也可能是外界侵入的。正常情況下，由于扁桃體表面上皮完整和粘液腺不斷分泌，可將細菌隨同脫落的上皮細胞從隱窩口排出，因此保持著機體的健康。
當機體因寒冷，煙酒過度，潮濕，過度勞累等原因造成抵抗力下降，細菌繁殖加強，扁桃體上皮防御機能減弱，腺體分泌機能降低時，扁桃體就會遭受細菌感染而發炎。
臨床上分為急性和慢性兩種，扁桃體炎的致病原以溶血性鏈球菌為主，其他如葡萄球菌、肺炎球菌、流感桿菌以及病毒等也可引起。
抵抗力下降
當人的抵抗力下降，如過度疲勞、缺乏鍛煉、營養不良之時，扁桃體的防御能力就會減弱，各種細菌病毒就會引入扁桃體，導致扁桃體發炎。
其它疾病導致病菌侵入扁桃體
當其它疾病導致病菌侵入扁桃體時，會發生炎癥，如流行性感冒、急性鼻咽炎。扁桃體發炎會出現紅腫、疼痛、化膿。輕者低熱、咳嗽，喉部不適;重者高燒不退、呼吸急促，甚至高熱驚厥，需要及時治療。