1.免疫因素，約占20%，在血中可以檢出卵巢抗體，這類患者常常合并其他自身免疫性疾病如紅斑狼瘡，類風濕關節炎，先天性體中缺乏一種酶。
2. 細胞遺傳學因素，先天性生殖細胞數少，卵泡閉鎖加速，X染色體異常，10%患者有家族史。
3.物理因素，如手術，化療，感染等導致促性腺激素分泌缺陷或促性腺激素受體或受體后缺陷。
4. 特發性卵巢早衰，患者無明確原因，染色體正常，性激素測定血FSH(卵泡刺激素)，LH(黃體生成素)升高，E2(雌激素)低下，PRL(泌乳素)正常，患者不僅雌激素缺乏，還有潛在的卵巢雄激素分泌不足，或腎上腺產生甾體激素能力輕度缺陷，腹腔鏡檢查多見小卵巢或萎縮性卵巢。