肛門濕疹的病因分原發性和繼發性兩種，前者原因不明，后者多由肛瘺、肛裂等炎癥或分泌物刺激所致。肛門濕疹是肛腸科常見的一種過敏性皮膚病。以瘙癢、有分泌物滲出、皮疹呈多形性、易復發為主要特點。
常見的肛門濕疹原因有
1、體質因素
有人認為素質差與本病有重要關系。
2、精神因素
精神緊張、勞倦、憂郁、失眠亦可引起。
3、炎熱、潮濕、寒冷、日光等氣候影響，亦是其致病因素
4、飲食因素
魚、蝦、蟹、牛羊肉、雞蛋、蔥、蒜、酒等。
5、肛門疾病
如痔瘡、肛瘺、肛裂、肛門失禁、肛管上皮缺損等。
6、藥物影響
磺胺類藥物、某些抗生素及強酸、強堿等化學藥品。
7、致敏物質
如花粉、灰塵、羊毛、人造纖維、香脂、染料、肥皂等。
8、疾病因素
如內分泌失調，肝腎功能紊亂，腸道寄生蟲病，消化功能紊亂，婦女白帶多，嬈蟲病等，均可引起或加重病情。
局部病變
如痔、肛瘺(肛瘺譯：肛管直腸瘺是肛管或直腸與肛周皮膚相通的肉芽腫性管道，主要侵犯肛管，很少涉及直腸，故常稱為肛瘺，內口多位于齒狀線附近，外口位于肛周皮膚處。整個瘺管壁由增厚的纖維組織組成，內復一層肉芽組織，經久不愈。發病率僅次于痔，多見于男性青壯年，可能與男性的性激素靶器官之一皮脂腺分泌旺盛有關。)、肛裂、肛門失禁等疾病的慢性炎癥刺激，也可誘發。
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【參考文獻：《肛腸疾病診斷與治療》《中西醫結合肛腸病學》】