HCM病程中可能會有并發癥發生，主要包括
A 心律失常
這是常見的并發癥，其中心房顫動最為常見。房顫會使患者的癥狀加劇，同時增加了發生血栓形成導致栓塞的風險。舒張功能降低導致的左房徑增大是房顫發生的獨立相關因素。
B 心內膜炎發生率比較低
是由于血液中的細菌黏附在心臟內血流紊亂處，如主動脈瓣、二尖瓣等。
C 心臟傳導阻滯
可發生在竇房結和/或房室結，經常遇見到，也是影響藥物治療的因素。
D 猝死
少數HCM患者會發生猝死，其前可能沒有任何征兆。HCM是青少年發生猝死的最常見原因。室性心律失常，包括室速、室顫是發生猝死的主要原因。