90%以上腸結(jié)核由人型結(jié)核桿菌引起，此外，飲用未經(jīng)嚴格消毒的乳制品可因牛型結(jié)核桿菌而致病，腸結(jié)核感染可經(jīng)口、血行播散和鄰近器官結(jié)核的波及所致。
結(jié)核病的發(fā)病是人體和結(jié)核菌相互作用的結(jié)果，經(jīng)上述途徑獲得感染僅是致病的條件，只有當入侵的結(jié)核菌數(shù)量較多，毒力較大，并有人體免疫功能異常、腸功能紊亂引起局部抵抗力削弱時，才會發(fā)病。
1.腸源性
MTB主要經(jīng)口傳染而侵入腸道，患者常為開放性肺結(jié)核，由于吞咽了自身含有MTB的痰液而致病。
或者經(jīng)常與開放性肺結(jié)核病人共餐，缺乏必要的消毒隔離措施從而致病。少數(shù)情況下飲用未經(jīng)消毒的含有MTB的牛奶或乳制品也可引起原發(fā)性腸結(jié)核。
MTB進入腸道后多在回盲部引起病變，這是因為。
①正常生理情況下腸內(nèi)容物通過回盲部括約肌之前滯留于回腸末端時間較長，此外，結(jié)腸近端常有反蠕動，使腸道內(nèi)容物在盲腸停留時間更久。
這樣MTB與腸道黏膜接觸機會多，增加了腸黏膜的感染機會。
②回肓部有豐富的淋巴組織，而MTB容易侵犯淋巴組織。
2.血源性
粟粒型結(jié)核時，MTB可經(jīng)血行播散而引起腸結(jié)核。
3.直接蔓延
腹腔內(nèi)結(jié)核病灶，如女性生殖器官結(jié)核和腎結(jié)核直接蔓延可引起腸結(jié)核。
然而上述途徑獲得感染僅僅是致病條件。只有當入侵的MTB數(shù)量多，毒力強，而人體免疫功能降低、腸道功能紊亂、局部抵抗力降低時才會發(fā)病。