腸結核是結核桿菌侵犯腸道引起的慢性特異性感染， 約90%由人型結核桿菌引起。罹患年齡大多為20～40歲，女性略多于男性。
結核桿菌侵犯腸道主要是從口感染。患者多有開放性肺結核或喉結核，因經常吞下含結核桿菌的痰液，而引起本病;或經常與開放性肺結核病人共餐，忽視餐具消毒隔離，也可致病;若飲用未經消毒的帶菌牛奶或乳制品，也可發生牛型結核桿菌感染。
此外，腸結核也可由血行播散引起，見于粟粒型結核，或由盆腔結核或結核性腹膜炎等直接蔓延而來。
結核病的發生與否，取決于人體和結核桿菌相互作用的結果。經上述途徑而被感染僅是致病的條件，只有當入侵的結核桿菌數量較多、毒力較大，并有機體免疫功能異常或局部抵抗力削弱時，才能發病。
腸結核的好發部位為回盲部，其他部位依次為升結腸、空腸、橫結腸、降結腸、闌尾、十二指腸和乙狀結腸等處，少數見于直腸，偶有胃結核的報道。