腸結核一般都由人型結核桿菌引起，偶有因飲用帶菌牛奶或乳制品罹患牛型結核者，結核桿菌侵犯腸道的主要途徑有。
一、胃腸道感染
為腸結核的主要感染方式，患者原有開放性肺結核，因經常吞咽含有結核菌的自身痰液而繼發感染;或經常與肺結核患者密切接觸。又忽視消毒隔離措施可引起原發性腸結核。
結核桿菌被食入后，因其具有含脂外膜，多數不被胃酸殺滅。
病菌到達腸道(特別是在回盲部)時，含有結核桿菌的食物已成食糜，有較大機會直接接觸腸粘膜，同時因回盲部存在著生理性潴留及逆蠕動，更增加感染機會。
加之回盲部有豐富的淋巴組織，對結核的易感性強，因此，回盲部即成為腸結核的好發部位。
二、血行播散
血行播散也是腸結核的感染途徑之一。見于粟粒型結核徑血行播散而侵犯腸道。
三、鄰近結核病灶播散
腸結核還可由腹腔內結核病灶直接蔓延而引起，如輸卵管結核、結核性腹膜炎、腸系膜淋巴結核等。此種感染系通過淋巴管播散。
結核病和其它許多疾病一樣，是人體和細菌(或其它致病因素)相互作用的結果。只有當入侵的結核桿菌數量較多、毒力較強，并有機體免疫功能異常(包括腸道功能紊亂引起的局部抵抗力削弱)時，方能致病。