目前醫學上還不能確切知曉唇腭裂的發生根源，通常有以下兩大原因。
引起唇腭裂的原因
(一)環境因素
母親懷孕早期(懷孕3個月以前)出現下述某種狀況可能會導致寶寶唇腭裂：
1.病毒感染：如孕婦上呼吸道感染、風疹等。
2.藥物作用：如服用抗癲癇藥、類膽固醇、抗過敏、抗癌藥物等。
3.內分泌：精神性或損傷性因素，如遭到強烈的精神刺激、身體外部遭損傷等。
4.營養因素：早孕期嘔吐，厭食，偏食等導致維生素D、葉酸、鐵、鈣等缺乏。
5.其他因素：如照射X線，吸煙，酗酒，缺氧。
(二)遺傳因素
唇腭裂有相當部分是遺傳的，直系親屬有唇裂者，其后代發生該病的比率為4%左右。一般唇腭裂發生在第一胎的概率為1/600，如果第一胎是唇腭裂的在第二胎發生唇腭裂的幾率為3/100。
唇腭裂手術最佳時間是什么時候?
對于唇腭裂患者，原則上是越早治療越好。
唇裂手術在患者機體免疫力健全的情況下，最早可在出生后24小時內手術，也可在出生3個月后，因為這時不僅嬰兒的免疫力較強，可以耐受感染，而且這時機體的組織細胞都很幼稚，不易形成瘢痕，為術后畸形恢復創造良好的條件;腭裂手術則最早也要在嬰兒出生6個月后進行。
唇腭裂有27%來自遺傳，不過即使家族中有唇腭裂病史，孕婦如果在孕前和孕期注意合理營養，調整心態，唇腭裂也是可以避免的。此外，孕婦在孕期缺乏營養;用藥不慎;攝取維生素A過量;經常接觸放射線及有毒物質;感染病毒;抽煙酗酒;壓力太大、情緒不良等，都可能導致胎兒發生唇腭裂。
在懷孕早期(懷孕3個月以前)，如果出現下述某種狀況，可通過B超查看是否有唇腭裂發生。
1、病毒感染
如孕婦上呼吸道感染、風疹等;
2、藥物作用
如服用抗癲癇藥、類膽固醇、抗過敏、抗癌藥物等;
3、內分泌
精神性或損傷性的因素，如遭到強烈的精神刺激、身體外部遭損傷等;
4、營養因素
早孕期的嘔吐，厭食，偏食等導致維生素D、葉酸、鐵、鈣等的缺乏;
5、其他因素
如照射X線、吸煙、酗酒、缺氧。