下丘腦性閉經是最常見的一類閉經。由于丘腦下功能失調而影響垂體，進而影響卵巢而引起閉經。
其病因復雜，可分為以下幾種
(1)精神應激
臨床多見于既往月經規律，在突然或長期精神壓抑、緊張、憂慮、環境改變后出現閉經。
(2)體重下降和神經性厭食
臨床表現為極度厭食，嚴重消瘦和閉經，皮膚干燥。個性孤僻、少言寡語、極不易合作。多見于內在情感劇烈矛盾或為保持體型強迫節食的女性。多數輕型患者處理得當均能恢復月經。如嚴重缺乏營養，需腸外補充營養，預防死亡。
(3)運動性閉經
多見于長期劇烈運動者或芭蕾舞、現代舞訓練者，表現為月經稀發及繼發性閉經。運動性閉經不一定發生體重減輕，當運動量減少，月經可恢復。
(4)藥物性閉經
在長期服用某些藥物后，引起繼發性閉經。常見的藥物有奮乃靜、氯內嗪、利血平、棉酚片、雷公藤等。年輕患者生殖功能旺盛，停藥后3-5個月可恢復月經，年齡40歲以上，接近絕經過渡期時，停藥后不易恢復月經。
(5)顱咽管瘤
瘤體增大壓迫下丘腦和垂體柄引起閉經，臨床表現為繼發性閉經、生殖器萎縮、肥胖、顱內壓增高、視力障礙等癥狀。