白塞氏病的基本病理改變主要是非特異性小動脈毛細血管和小靜脈炎癥，并認為是一種過敏性血管炎，小血管周圍可見單核細胞核淋巴細胞侵潤，血管壁有顯著的壞死和炎性細胞侵潤，免疫復合物沉積。
口腔潰瘍顯微鏡檢查可見表皮的基細胞和棘層細胞層有單核細胞及淋巴細胞侵潤，小血管炎癥。
皮膚病變表現為皮下脂肪小葉間隔結締組織內，真皮中下部細小血管(靜脈多于動脈)和毛細血管有血管炎，毛細血管有纖維素滲出，內皮細胞增生，管壁增厚，周圍有淋巴細胞侵潤。皮下組織內以肉芽腫形成、組織壞死和大量中性粒細胞侵潤形成的膿瘍性改變為特征。
腸道病變病理上分為壞死型、肉芽腫型及混合型，壞死型分為急性、亞急性，肉芽腫為慢性病變，混合型介于二者之間，基本病理改變仍然是小血管炎癥。