在流行期間，其主要措施為：①個人衛生 不用臟手揉眼，實行分巾分盆;②公共衛生 要對游泳池、浴室、理發店以及集體單位的浴池和洗臉池嚴加衛生管理;③隔離傳染源 對患者應采取隔離措施，防止傳播。在本病流行期間，對于車站、碼頭，應加強檢疫工作，嚴禁病人外流;④在沒有肯定有效的抗病毒藥前，不要亂用“預防性眼藥水”，以兔交叉感染;⑤加強消毒工作 腸道病毒對熱及干燥敏感，加熱至60℃分鐘即可滅活。常用的消毒劑如酒精(50%30秒、70%10少、90%10秒)、碘劑(0.2%PA碘1分鐘)、石炭酸(1%5分鐘)及甲酚(3%15分鐘)都有較好的滅活作用。建議臨床上采用70%酒精(90%的刺激性太強)洗手等待干燥，以作為消毒措施。臨床實驗證明采用干擾素點眼，可預防本病的發生，由于經濟價值較高，在大流行期間尚無實際應用價值。
對于神經系統并發癥的預防，目前尚無有效方法。AHC患病期間，避免疲勞和禁止肌肉注射，對于減輕癥狀或減少該合并癥的發生可能直到一定的作用。