男性胎兒在妊娠第12周時，陰莖頭處開始形成皮膚反折，即為包皮。當其向前生長，完全包裹陰莖頭時，包皮內層上皮便很快與陰莖頭粘連。
到了妊娠晚期，由于脫屑和空泡的形成，包皮與陰莖頭逐漸分離。至胎兒出生時，這種分離過程在大多數情況下仍未完成，并常常伴有包皮口的相對狹窄，使包皮不能翻轉以顯露出陰莖頭，這就是先天性包莖。
先天性包莖可見于每一個正常的男性新生兒和嬰幼兒，即是所謂的生理性包莖。
新生兒陰莖包皮內板與陰莖頭表面有輕度的上皮粘連，數月后粘連被吸收，包皮內板與陰莖頭分離。
至3~4歲時，隨著陰莖的生長發育和包皮下上皮碎屑的堆積，加之間斷性的陰莖勃起，包皮口逐漸擴大，包皮自行向上退縮顯露出陰莖頭，此時大部分包莖可自愈。
但由于個體差異的原因，部分男性至成年包皮都未能退縮完全以顯露出陰莖頭，這就是包皮過長。
在小兒時期，包皮可以起到保護陰莖頭及尿道口的作用，防止因尿布摩擦而引起的擦傷及潰瘍。因此小兒包皮過長是一種生理現象而非病理現象。
也有學者認為在成年時期，包皮的存在有助于保持陰莖頭的柔軟、濕潤和敏感。性交時由于包皮的皮膚儲備，對減小摩擦力，減輕陰道干燥造成的不適有一定的作用。