腸結核的治療與肺結核一樣，均應強調早期、聯合、適量及全程用藥。
一、對癥處理和手術治療
腹痛可用顛茄、阿托品或其它抗膽堿藥物。不完全性腸梗阻有時需行胃腸減壓，并糾正水、電解質紊亂。有貧血及維生素缺乏癥表現者，對癥用藥。
二、休息與營養
合理的休息與營養應作為治療結核的基礎。活動性腸結核應強調臥床休息，減少熱量消耗，改善營養，增加機體抗病能力。
三、抗結核藥物治療
抗結核藥物選擇、用法詳見肺結核。一般可分長療程法與短療程法：
(一)長療程法
此系標準療法，用異菸肼、鏈霉素兩藥或加對氨基水揚酸三藥聯合應用。全程需12-18個月。
(二)短療程法
療程縮短至6-9個月其療效與復發率和長療程法取得同樣滿意效果。一般用異菸肼和利福平二種殺菌劑聯合，對嚴重腸結核或伴有嚴重腸外結核者，宜加鏈霉素或吡嗪酰胺或乙胺丁醇三藥聯合。
此種短療程法需注意藥物對肝臟的損害。可用利福啶代替利福平，每日150mg，毒性似較利福平為低。