腸結核的治療目的是消除癥狀，改善全身情況，促使病灶愈合及防止并發癥發生，腸結核早期病變是可逆的，因此應強調早期治療;如果病程已至后期，即使給予合理足時的抗結核藥物治療，也難免發生并發癥。
1.休息與營養機體抵抗力的降低是結核發生，發展的重要因素，因此合理的休息與營養應作為治療的基礎，以增強機體的抵抗力，對活動性腸結核須臥床休息，積極改善營養，必要時宜給靜脈內高營養治療。
2.抗結核化學藥物治療抗結核藥物多達十幾種，一般認為，抗結核藥物可分為殺菌藥和抑菌藥兩大類。
前者指在常規劑量下，藥物在機體內外的濃度高于在試管內最低抑菌濃度10倍以上，否則是抑菌藥物，有人也習慣于將抗菌作用較強而副作用小的藥物劃為一線藥，其余均劃為二線藥。
1987年全國結核病防治工作會議規定的一線藥物有異煙肼，鏈霉素，對氨柳酸鈉，氨硫脲，1992年國際防癆協會/世界衛生組織研究小組主張將異煙肼，利福平，吡嗪酰胺，鏈霉素，氨硫脲和乙胺丁醇列為抗結核的主要藥物。
藥物臨床運用應堅持早期，聯用，適量，規律和全程使用敏感藥物的原則，化療方案視病情輕重而定，過去一般以鏈霉素，異煙肼，對氨柳酸鈉為首選，進行長程標準化療，療程在1～2年，目前為使患者早日康復。
防止耐藥性的產生，多采用短程化療，療程為6～9個月，一般用異煙肼與利福平兩種殺菌藥聯合，在治療開始1～2周即有癥狀改善，食欲增加，體溫與糞便性狀趨于正常，對嚴重腸結核，或伴有嚴重腸外結核者宜加鏈霉素或吡嗪酰胺或乙胺丁醇聯合使用，療程同前。