目前肌肉萎縮尚無統一分類，我們從臨床實際出發，結合病原因分類如下。
肌肉萎縮的病因
1、神經源性肌萎縮
主要是脊髓和下運動神經元病變引起。見于脊椎椎骨骨質增生、椎間盤病變、脊神經腫瘤、蛛網膜炎、神經炎、神經叢病變、脊神經腫瘤、蛛網膜炎、神經炎、神經叢病變、神經損傷、脊髓空洞癥、運動神經元性疾病、格林-巴利綜合征、腦部病變和脊髓病變導致的廢用性肌萎縮癥等。
2、肌源性肌萎縮
常見于肌營養不良、營養不良性肌強直癥、周期性麻痹、多發性肌炎、外傷如擠壓綜合征等、缺血性肌病、代謝性肌病、內分泌性肌病、藥源性肌病、神經肌肉傳遞障礙性肌病如重癥肌無力等。
3、廢用性肌萎縮
上運動神經元病變系由肌肉長期不運動引起，全身消耗性疾病如甲狀腺功能亢進、惡性腫瘤、自身免疫性疾病等。
4、其他原因性肌萎縮
如惡病質性肌萎縮、交感性肌營養不良等。
5、遺傳
遺傳的因素，有遺傳性的患者有5%-10%，這一般稱為家族性肌萎縮性側索硬化，成年型屬常染色體顯性遺傳，青年型為常染色體顯性或隱性遺傳，臨床上與散發病例難以分別。
6、長期不運動
廢用性肌萎縮上運動神經元病變系由肌肉長期不運動引起，全身消耗性疾病如甲狀腺功能亢進、惡性腫瘤、自身免疫性疾病等。
7、中毒
中毒的因素，興奮毒性神經遞質。經過調查，一些患者轉運功能喪失是由于運動皮質內轉運體mRNA轉錄副本異常連接異常所致。
8、免疫
免疫的因素，盡管MND患者血清曾檢出多種抗體和免疫復合物，但尚無證據表明這些抗體可選擇性以運動神經元為靶神經因子。現在認為，MND是不屬于神經系統自身免疫病的。
9、疾病因素
肌源性肌萎縮常見于肌營養不良、營養不良性肌強直癥、周期性麻痹、多發性肌炎、外傷如擠壓綜合征等、缺血性肌病、代謝性肌病、內分泌性肌病、藥源性肌病、神經肌肉傳遞障礙性肌病如重癥肌無力等。