丙肝的抗病毒治療主要依靠干擾素。目前，長效干擾素PEG-IFNα聯合應用利巴韋林是慢性丙型肝炎治療的標準方案。兒童是丙型肝炎的易感人群之一。將干擾素應用于兒童的丙肝治療時，需要注意一些嚴重的不良反應，謹慎用藥。
骨髓抑制
長期應用干擾素治療會抑制丙肝患者的骨髓造血功能，使得血液中血小板以及白細胞數目減少，引發造血異常病癥。所以，應用干擾素治療小兒丙肝時，需要嚴密觀察血象變化。當白細胞計數<3.0×109/L，中性粒細胞計數<1.5×109/L，或血小板計數<40×109/L時，需停藥，并對癥治療，注意出血傾向。血象恢復后可重新開始干擾素治療，但仍需密切觀察。
骨骼發育受限
兒科研究丙型肝炎(PEDS-C)試驗的隨訪研究表明，用聚乙二醇干擾素α治療兒童丙型肝炎，會使患兒的身高，體重，身體質量指數(BMI)有明顯改變。這可能與長效干擾素造成的生長激素分泌不足有關。所以盡量不要使用長效干擾素治療小兒丙肝，如果不得已使用的話，一定要控制用藥量。
誘發其他疾病
應用干擾素可誘發心律不齊、心肌缺血等心臟病，需要定期為接受治療的患兒檢查心電圖。同時，干擾素還可引起抑郁、焦慮等精神障礙，當發現患兒出現情緒改變時，需要及時進行心理測試，給予心理治療。若出現嚴重精神癥狀，需要立刻停用干擾素，積極治療精神病。