先天性心臟病不僅會并發很多其他類型的疾病，而且還嚴重影響患者的生長發育及日后治療效果，所以先天性心臟病患者要做的盡早治療，一般為1-5歲之間，這樣才能有效避免疾病的危害及大大提高手術的治療效果，術后可以像正常人一樣生活、學習、工作。
1、影響智力發育：先心病患兒的缺血缺氧，尤其是右向左分流的紫紺型先心病患兒常有缺氧發作(突然發生呼吸困難、全身紫紺加重、失去知覺、驚厥)，影響大腦供血，長期、嚴重的缺血缺氧將導致患兒智力下降。
2、細菌性心內膜炎：由于心內結構的異常，形成渦流及血管內膜的損害，當血液中有細菌入侵時，則較正常人細菌容易在那里立足、繁殖引起心內膜炎，集聚成團形成贅生物(此時細菌極難殺死)，并且贅生物易脫落，引起血管內堵塞，造成嚴重后果。
3、發生心力衰竭：左向右分流先心病，由于肺循環血量增加，導致再回流入左心血流量增加，使左心容量負荷過重，引起左心室肥大最終導致心力衰竭;合并肺炎患兒，肺阻力增加也可引起心力衰竭;無分流型先心病(主動脈縮窄、肺動脈瓣狹窄、完全性肺靜脈異位引流等)由于心室收縮負荷增加或肺靜脈梗阻，可引起心力衰竭。
總之，先天性心臟病的危害嚴重，不僅會并發很多其他類型的疾病，而且還嚴重影響患者的生長發育及日后治療效果，所以先天性心臟病患者要做的盡早治療。