臨床證實，右心導管檢查是診斷心房間隔缺損的可靠方法。右心房、右心室和肺動脈的血液氧含量高于腔靜脈的平均血液氧含量達1.9容積%以上，說明心房水平有左至右血液分流。
此外，心導管進入右心房后可能通過房間隔缺損進入左心房，從心導管在缺損區的上下活動幅度，尚可推測缺損的面積。從大隱靜脈插入的心導管通過房間隔缺損進入左心房的機遇更多。
根據心導管的異常行徑和血氧測定結果，可以確定心房間隔缺損的診斷。通過心導管檢查尚可測定心腔各部位以及肺動脈和肺微血管壓力。
值得指出的是，第2孔型心房間隔缺損病例，由于肺動脈血流量增多，特別是左至右分量大的病例，右心室與肺動脈可能呈現2.7kPa(20mmHg) 的收縮壓差，不能診斷為并存肺動脈瓣狹窄。從心導管檢查獲得的資料可以計算心排血量、體循環血流量、肺循環血流量、左至右分流量以及肺循環阻力等，這些材料對了解缺損大小，是否并有其它心血管畸形和決定治療方案均很有價值。