病因治療和對癥治療都很重要。在未明確病因之前，要慎重使用止痛藥及止瀉藥，以免掩蓋癥狀造成誤診，延誤病情。
1.病因治療
抗感染治療根據不同病因，選用相應的抗生素。
其他如乳糖不耐受癥不宜用乳制品，成人乳糜瀉應禁食麥類制品。慢性胰腺炎可補充多種消化酶。藥物相關性腹瀉應立即停用有關藥物。
2.對癥治療
一般治療糾正水、電解質、酸堿平衡紊亂和營養失衡。酌情補充液體，補充維生素、氨基酸、脂肪乳劑等營養物質。
黏膜保護劑雙八面體蒙脫石、硫糖鋁等。
微生態制劑如雙歧桿菌可以調節腸道菌群。
止瀉劑根據具體情況選用相應止瀉劑。
其他654-2、溴丙胺太林、阿托品等具解痙作用，但青光眼、前列腺肥大者、嚴重炎癥性腸病患者慎用。