病毒性腦炎的預后與病變的范圍和病情的輕重有關
腦部病變較局限且未侵犯"生命中樞"，病情較輕時，其預后往往良好。如昏迷持續時間較長，或有頻繁驚厥時，腦部缺氧及病理變化加重，預后多較差，容易留有神經、精神的后遺癥。
某些病毒所致的腦炎預后較差，如西方馬腦炎患兒常有后遺癥，年齡愈小愈嚴重。5歲以下的東方馬腦炎患兒多有后遺癥，表現為精神遲鈍、抽搐及癱瘓。麻疹腦炎和亞急性硬化性全腦炎患者的病死率均較高，單純皰疹病毒腦炎患兒的病死率可達 30%以上，約半數的存活者中有后遺癥。
胎兒經胎盤感染單純皰疹病毒后可發生小腦畸形，積水性無腦畸形。巨細胞包涵體病毒和風疹病毒的先天性感染侵犯多種臟器，當侵犯腦組積時，其預后都比后天性腦炎為差。先天性巨細胞包涵體病毒所致的中樞神經系統感染，可引起大腦性癱瘓、小腦畸形、智力遲鈍、運動障礙，偶見腦積水。先天性風疹腦炎患兒可發生小腦畸形、耳聾、甚至進行性精神及運動障礙。狂犬病毒腦炎的病死率最高，幾乎為100%。
淋巴細胞性脈絡叢腦膜炎、傳染性單核細胞增多癥并發腦炎、埃可病毒腦炎、柯薩奇病毒腦炎、腮腺炎病毒腦炎患者的預后多較好，大多數患者能逐漸痊愈。某些埃可病毒腦炎及柯薩奇病毒腦炎患兒可出現肢體癱瘓，但很少留下后遺癥，極少數腮腺炎腦炎患兒可有偏癱，甚至出現腦疝而死亡。