相對來說，慢性腎盂腎炎的癥狀比較隱蔽，很難在早期就發現，這也給慢性腎盂腎炎一個發展的空間。在長期的臨床治療中，我們的腎病科專家對慢性腎盂腎炎的癥狀特征也做了一些總結。
典型的慢性腎盂腎炎多有急性腎盂腎炎史及反復發作病史半年以上尤其膀胱輸尿管返流在慢性腎盂腎炎發病占有重要地位。
發作時以尿路刺激癥狀為主要腎盂腎炎的癥狀，全身癥狀較輕，可有輕度發熱、腹痛、腰痛及腎區叩擊痛等。而以其他癥狀為主要的臨床表現，如長期低熱，血壓升高，中斷出現血尿、貧血、水腫等。
疾病晚期，常有腎功能受損，首先出現腎小管濃縮功能減退，如夜尿增多、多尿、電解質紊亂、酸中毒等腎盂腎炎的癥狀。繼而腎小球受損而導致腎功能衰竭。
慢性腎盂腎炎的癥狀臨床表現復雜多樣，輕易誤診、漏診。病程綿延機體免疫功能低下等因素，使病情反復發作，較難根除，影響預后。