腸結核起病緩慢，早期癥狀不明顯，可僅有消化不良癥狀，患者常伴有活動性腸外結核，其臨床表現可被遮蓋而被忽略。
在急性進展期則有不同程度的發熱、盜汗、腹痛、腹瀉、體力減弱、消瘦及蒼白等癥狀，易誤診為原發病(如肺結核等)的惡化。因此，活動性腸外結核病例，如出現明顯消化道癥狀，應考慮腸結核存在的可能性。
腹瀉是潰瘍型腸結核的主要表現之一，每日排便2～4次不等，糞便呈糊樣，或水樣，通常無肉眼可見的粘液、膿或血液，不伴里急后重。
但在病變嚴重、范圍廣泛的患者，腹瀉次數則可增多，甚至每日達10余次，可有惡臭，有時糊便出現粘液、膿液，血便少見。
此外間有便秘，大便呈羊糞狀，隔數日再有腹瀉，腹瀉與便秘交替，在過去常被強調是本病的臨床特征，實際上系腸功能紊亂的一種表現，也可見于其他腸道器質性病變，如大腸癌。
腹瀉前常有右下腹隱鈍痛，伴上腹臍周牽涉痛，有時腹痛在進餐時誘發，便后有不同程度的緩解。并發腸梗阻時，有腹絞痛，常位于右下腹，伴腹脹、腸鳴音亢進、腸型與蠕動波。
當潰瘍型腸結核合并局限性腹膜炎，同時有腸系膜淋巴結核及粘連時，腹部除有揉面感外，在右下腹可觸及質地中等的包塊。
患者常有結核病毒血癥，表現為午后低熱、不規則熱、弛張熱或稽留熱，伴有盜汗。患者倦怠、消瘦、蒼白，隨病程發展可出現維生素缺乏、脂肪肝、營養不良性水腫等表現。