腸結核在慢性演進過程中，可出現各種并發癥。
1.腸穿孔
發生率次于腸梗阻，居第2位，主要為亞急性或慢性穿孔，可在腹腔內形成膿腫，潰破后形成腸瘺。急性穿孔較少見，常發生在梗阻近端極度擴張的腸曲，或見于有多段腸狹窄造成的閉鎖性腸梗阻。
潰瘍型腸結核雖有腸曲周圍組織粘連，潰瘍一般不穿破進入游離腹腔，但在病情發展快，機體反應差時，潰瘍可向深部穿透，引起急性穿孔。
2.腸梗阻
是本病最常見的并發癥，主要發生在增生型腸結核。潰瘍型腸結核由于鄰近腹膜粘連使腸曲遭受牽拉、束縛和壓迫，或因腸潰瘍愈合而有瘢痕收縮，可使腸腔狹窄引起梗阻。
梗阻多系慢性進行性，常為部分患者，程度輕重不等，遷延時間較長，可嚴重地影響患者營養狀況。少數可發展到完全性腸梗阻。
3.其他
有腹膜炎、腸粘連、腸套疊和收縮性憩室等。