腸結核在中醫又稱為腸癆，起病緩慢、早期癥狀多不明顯，可表現為食欲不振、消化不良、腹脹、午后低熱及盜汗等。
1、腹痛
一般為隱痛、鈍痛，多發生在右下腹，這與腸結核好發部位在回盲部有解剖學關系。疼痛多在進餐時或進餐后發作，與進餐后胃腸反射、腸運動加快，刺激了病變部位有關。排便后疼痛可緩解。有腸梗阻時，多為持續性鈍痛、陣發性加劇，疼痛劇烈時可為絞痛。
2、腹瀉
排便習慣改變，以腹瀉為常見癥狀。不成形軟便，每日2～4次，有時為水瀉。便血少見，潛血可陽性。回盲部以遠的潰瘍型腸結核，可有柏油便、粘液血便。
3、便秘
有的病人以便秘為主，常見于增生型腸結核患者，但發生率不足10%。典型的腹瀉、便秘交替癥狀少見，如有交替癥狀，為腸功能紊亂的征象。
4、其他表現
食欲不振，消瘦乏力，精神疲倦。因發熱、腹瀉長期消耗，可引起營養不良性貧血，表現為面色蒼白、頭暈目眩、心慌氣短等癥狀。女性可有月經不調，量少，經期遲延;男性可有陽萎，早泄等性功能障礙。