一、常偏低
呈輕、中度貧血，以潰瘍型患者為多見。在活動性病變患者中，血沉常增快。
二、糞便檢查
增生型腸結核糞便檢查多無明顯改變。潰瘍型腸結核糞便鏡檢可見少量膿細胞和紅細胞。糞便濃縮找結核菌，只有痰菌陰性時，才有意義。
三、X線檢查
X線鋇餐造影或鋇劑灌腸檢查對腸結核診斷具有重要意義。并發腸梗阻的患者只宜進行鋇劑灌腸，以免鋇餐檢查加重梗阻，潰瘍型腸結核腸段多有激惹現象，鋇劑排空很快，且充盈不佳，病變上下兩端腸段鋇劑充盈良好，此稱為跳躍征象。增生型腸結核等征象。有腸梗阻時，近端腸曲常明顯擴張。
四、纖維結腸鏡檢
可直接觀察全結腸、盲腸及回盲部的病變，并可行活檢或取樣作細菌培養。
典型病例的診斷一般無困難。但疾病早期，常因癥狀不明顯或缺乏特征性而易漏診。
下列幾點可做為診斷本病的依據
一、臨床表現有長期發熱、盜汗、腹痛、腹瀉(或便秘)的青壯年患者。
二、肺結核或其它腸外結核患者原病灶已好轉，但消化道癥狀和結核毒血癥狀反見加重者。
三、右下腹腫塊伴壓痛，或出現原因不明的不完全性腸梗阻表現者。
四、胃腸X線檢查回盲部有激惹、鋇劑充盈缺損或狹窄征象者。
對于疑有腸結核的患者，在初步排除相關的疾病后，仍難確診時， 可給予抗結核藥物，治療兩周，觀察療效，以幫助診斷。