腎結石常發生于中壯年，并且男性多于女性，患者的臨床癥狀取決于結石的病因、成分、大小、數目、位置以及活動度等，輕度腎結石患者可沒有癥狀，嚴重的患者則可發生無尿、腎功能衰竭、中毒性休克以及死亡。患者的常見癥狀主要有疼痛、血尿、梗阻和感染等。
疼痛
腎結石引起的疼痛可分為鈍痛和絞痛，疼痛部位常見于腰部和腹部。有的疼痛可能僅表現為腰部酸脹不適，活動或勞動可促使疼痛發作或加重。腎結石絞痛呈嚴重刀割樣痛，常突然發作，疼痛常放射至下腹部、腹股溝或股內側，女性則放射至陰唇。
血尿
腎結石患者疼痛時，往往伴發肉眼血尿或鏡下血尿，鏡下血尿較多見。患者經體力活動后血尿可加重，尿中可排出沙石，特別在疼痛和血尿發作時，尿內混有沙粒或小結石。
梗阻和感染
梗阻和感染為腎結石患者常見并發癥，梗阻可引起患者腎積水，出現上腹部或腰部腫塊。雙側上尿路結石或腎結石完全梗阻時，可導致無尿、腎功能衰竭、中毒性休克以及死亡。
全身癥狀
腎結石患者臨床上可有發熱、畏寒、寒顫等全身癥狀。