臨床發現有部分患者不育的原因是生殖器畸形造成，但是很多人卻對生殖器畸形一知半解。如下是四種生殖器畸形可造成男性不育。
類型一：陰莖畸形
陰莖畸形有多種類型，如無陰莖、無龜頭、陰莖勃起組織發育不全，隱匿性陰莖(多見于肥胖者，陰莖被埋于包皮及恥骨區皮下脂肪組織內)、雙陰莖、小陰莖、蹼狀陰莖、先天性陰莖重度變曲、嚴重的包莖和包皮過長引起萎縮性包莖，包皮緊包陰莖頭并與其黏連在一起，陰莖頭發育不良，變形并可引起痛性勃起和性交障礙，從而導致不育。
類型二：尿道畸形
醫院的專家介紹，尿道畸形常見有無尿道或尿道閉鎖、重復尿道(一般是指一個陰莖上有兩條或兩條以上的尿道;雙陰莖時，每個陰莖上有一條尿道，也叫重復尿道。)、尿道上裂、下裂等均可影響性生活和生育。
類型三：睪丸先天畸形
單純雙側無睪丸罕見，無生育能力。單側無睪丸多合并無附睪而泌尿系統正常;單側無睪丸、附睪、輸精管、腎和輸尿管。這兩種情況可能不影響性功能和生育。隱睪癥、睪丸發育不全均可引起不育。
類型四：附睪畸形
附睪畸形種類較多，有附睪缺如、附睪節段性閉鎖、附睪發育不全、附睪睪丸不連接、附睪囊腫等，約5%的男性不育癥可能與附睪畸形有關。