手術后早期要注意入量和出量的平衡，如果尿量少，要及時應用利尿劑，根據年齡和體重控制飲食量。飲食要注意清淡，適當食用蛋白類食品，如牛奶等，忌食鹽分和脂肪量過多的食品。
手術后肺部護理十分重要，主要包括霧化吸入和吸痰，服用化痰藥，防止肺不張。手術后必須根據醫師吩咐規則服用藥物，包括利尿劑、強心劑、補鉀劑和活血劑等。
手術后早期活動量要限制，注意休息，即使以后心功能改善，也必須避免劇烈活動，因為心律增快和肺阻力增高不利于雙向腔肺吻合術和改良Fontan術后靜脈血的回流。
手術后康復出院必須根據醫師囑托定期門診隨訪，尤其手術后早期必須檢查心電圖、胸片和超聲，排除心律失常、心包積液、胸腔積液和肺不張等。