目前此病沒有較有效的治療方法，但可以采取以下措施緩解：
1、服用抗病毒的藥物，如病毒唑、病毒靈等。
2、保持局部清潔，避免細菌的繼發感
染。
3、口腔因有糜爛，小兒吃東西困難時，可以給予易消化的流食，飯后漱口。
4、局部可以涂金霉素魚肝油，以頭減輕疼痛和促使糜爛面早日愈合。
5、可以口服B族維生素，如維生素B2等。
6、若伴有發熱時，可以用一些清熱解毒的中藥。
該病一般1～2周可以自愈，不會留下后遺癥，但它也不是終身免疫，即以后還可以感染發病。
中醫防治手足口病配方
★預防方：金銀花6g，大青葉6g，綿茵陳15g，生苡仁10g，生甘草3g。水煎服，一日分兩次服用，連續5~7天。本方劑具有清熱解毒，健脾化濕之功能，適用于易感人群預防。 以上為3～6歲劑量，3歲以內嬰幼兒可減量服用，6歲以上者可加量服用。
★治療方：對付皮膚皰疹：苦參、野菊花、紫草、地膚子各30g，加水3000ml，煎至2000ml，涼至35℃~38℃，泡洗手足臀部10~15分鐘。
對付口咽部皰疹：西瓜霜吹敷口腔患處，或口腔炎噴劑噴患處，每日2次。
對付口疼牙齦腫：可用板藍根10克，黃芩、白蘚皮各6克，雙花3克，竹葉、薄荷各2克，煎水含漱。
★食療方：紅蘿卜1條，白茅根15g，竹蔗1節，生苡仁15g，每日1劑，煎水代茶。 燈芯草5扎，蟬蛻3g，木棉花1朵，雞骨草10g，瘦豬肉50g，煲湯飲用。
荷葉粥：鮮荷葉2張，白米50克，將荷葉切碎，煮粥吃。
以上均為3~6歲兒童1人份劑量，可根據年齡大小酌情增減劑量。