由于直腸息肉一般沒有臨床癥狀，即使有，癥狀也沒有特異性，因此，直腸息肉的確診主要依賴特殊的器械檢查。臨床常用的有各種消化道內鏡，X線消化道造影，CT掃描等等。
1、電子結腸鏡
這是對結直腸息肉最主要的檢查方法，事實上大部分結直腸息肉是在結腸鏡檢查過程中偶然發現的。結腸鏡從肛門置入，可以檢查全部結腸以及終末端的小腸(末端回腸)。在結腸鏡下，可以清晰的觀察直腸的黏膜面，對隆起的息肉非常敏感，小到幾個毫米的息肉都能夠發現。隨著消化內鏡技術的不斷進步，醫生不僅可以發現結直腸息肉，而且可以發現息肉，而且能夠對息肉的類型進行初步判斷。對于結直腸息肉，最重要的是鑒別具有癌變傾向的腺瘤性息肉和不會癌變的非腺瘤性息肉。日本醫生工藤提出了結直腸息肉分型方法，已經廣泛應用到臨床。根據這種分型，在染色內鏡、放大內鏡等先進技術的幫助下，醫生已經可以通過內鏡比較準確的判斷息肉的類型，從而給以相應的治療。在結腸鏡下，可以通過活檢而確診息肉的病理性質。結腸鏡檢查不僅僅可以診斷息肉，而且是治療息肉的重要手段。
2、X線消化道造影
是指用硫酸鋇作為造影劑，在X線照射下顯示消化道有無病變的一種檢查方法，主要有消化道鋇餐檢查和鋇灌腸兩種方法。消化道鋇餐檢查時患者口服硫酸鋇，主要用來檢查食管、胃和小腸，鋇灌腸時醫生把硫酸鋇從肛門灌入，主要用來檢查結腸。X線檢查僅僅能夠發現一部分比較大的息肉。但是相對消化內鏡檢查，優點是安全，并發癥少，而且病人因檢查帶來的不適比較輕微。
3、其他
隨著臨床診斷技術的不斷進步，現在還出現了CT仿真結腸鏡，正電子發射斷層掃描(PET)等技術，也可以發現比較大的直腸息肉。并對息肉的性質作出不同程度的判斷。