腎結石治療的目的，不僅是解除病痛，保護腎臟功能，而且應盡可能找到并解除病因，防止結石復發。因此治療腎結石應針對病因治療，即根據各種結石成分選擇藥物。
腎結石的治療
1.針對尿鈣增多癥：針對尿鈣增多癥腎結石患者應選擇合適的藥物以減少尿鈣，如噻嗪類利尿藥、口服無機磷酸鹽、纖維素磷酸鹽。
2.針對草酸鹽：高草酸鹽尿是反復發生腎結石的最重要危險因素，此類患者可口服維生素B，每天25毫克~250毫克;口服考來烯胺，每天3次，每次4克;口服氨基葡聚糖，每天400毫克，餐后2小時服用。
3.針對尿酸鹽和尿酸：此類患者占全部腎結石患者的5%~10%，患者可口服別嘌醇，每天100毫克，分2次~3次服用，以減少尿酸的產生。還可給予碳酸氫鈉每天40mmol～60mmol，1g=12mmol;腎功能正常患者可給枸櫞酸鉀。
4.針對感染結石，磷酸鎂銨結石：此類患者宜選用抗菌藥物治療尿路感染，以達到消滅感染的目的。
5.針對胱氨酸結石：此類患者應每天飲水3升，若臨睡前喝水，晚間起床排尿后喝水300毫升。可分次服用碳酸氫鹽2mmol/kg或150mmol，以維持尿液持續堿性。