1、結締組織疾病：系統性紅斑狼瘡、結節性多動脈炎等膠原性疾病中腎臟損害的發生率很高，其臨床表現可與慢性腎炎相似，但此類疾病大都同時伴有全身和其他系統癥狀，如發熱、皮疹、關節痛、肝脾腫大，化驗時可以發現特征性指標異常(如狼瘡性腎炎血液化驗可見抗核抗體陽性)。
2、高血壓病：血壓持續增加的慢性腎炎應與原發性高血壓伴腎損害鑒別，后者發病年齡常在40歲以后，高血壓出現在尿改變之前，尿蛋白常不嚴重而腎小管功能損害較明顯。心、腦血管及視網膜血管硬化性改變常較明顯。
3、惡性高血壓病：惡性高血壓病多見于患有高血壓病的中年人，常在短期內會引起腎功能不全，故易與慢性腎炎并發高血壓者相混淆。惡性高血壓病的血壓比慢性腎炎為高，常在29/17kPa(200/130mmHg)或更高。但起病初期尿改變大多不明顯，尿蛋白量少，無低蛋白血癥，無明顯水腫。因為惡性高血壓病時的小動脈硬化壞死是全身性的，故常見視網膜小動脈高度縮窄，硬化，并常伴有出血和滲血，視乳頭水腫，心臟擴大，心功能不全也較明顯，這些均可做為鑒別診斷的依據。若慢性腎炎并發高血壓而演變為惡性高血壓者，則是有長期慢性腎炎病史的患者，病情突然惡化，出現血壓明顯升高，腎功能迅速惡化，并出現視網膜出血、視乳頭水腫，甚則出現高血壓腦病等癥狀。